| # | Título del episodio | Fecha de emisión | Número de episodio |
| 23 | En las garras de la serpiente (Parte 3)
La Guarida de la Serpiente (Parte 3) | 26 de junio, 1998 (Showtime) | 201 |
| El SG-1, aun en la nave de Apophis, es atrapado por sus guardias. Son liberados con ayuda de Bra’tac, el viejo maestro de Teal’c, quién se les une en su lucha contra reloj para detener el inminente ataque Goa’uld a la Tierra. |
| 24 | La llamada del deber | 3 de julio, 1998 (Showtime) | 202 |
| Se descubre que Carter fue poseída por un Goa’uld, después de volver de una misión a otro mundo. El Goa’uld dice ser en realidad un Tok’ra, una legendaria facción Goa’uld que se opone a los Señores del Sistema. El Tok’ra, llamado Jolinar, es asesinado, pero muere salvando la vida de Samantha Carter. |
| 25 | Prisioneros | 10 de julio, 1998 (Showtime) | 203 |
| Por un malentendido con otra cultura, el equipo es erróneamente sentenciado a vivir en prisión en otro planeta. Gracias a la ayuda de una prisionera llamada Linnea, el SG-1 logra escapar. Sin embargo, al volver al SGC, descubren que ella es una asesina en masa, conocida como la “destructora de mundos”. |
| 26 | El Guardián
El Guarda | 17 de julio, 1998 (Showtime) | 204 |
| El SG-1 descubre un mundo, en donde todos sus habitantes viven encerrados en una realidad virtual, creyendo que su planeta aun sigue contaminado, cuando en realidad se halla hermoso. El equipo es atrapado en esta realidad virtual, por “el Guardián”, quién les impide contarle la verdad al resto de los residentes, sin embargo lo consiguen y todos son liberados. |
| 27 | Necesidades | 24 de julio, 1998 (Showtime) | 205 |
| En otro mundo, Daniel impide que una mujer se suicide; Ella se enamora inmediatamente de él, y usando los efectos narcóticos de un sarcófago Goa’uld, logra que él se quede con ella. Sin embargo, Daniel se ve obligado a regresar a la Tierra, en donde se rehabilita de la adicción al sarcófago, y vuelve al SG-1. |
| 28 | El Carro de Thor | 31 de julio, 1998 (Showtime) | 206 |
| El SG-1 debe volver a Cimmeria para ayudar a defender al planeta, cuando los Goa’uld lo invaden. Ellos contactan a Thor, quién se muestra en su forma original. A pesar de su molestia inicial con los actos del SG-1, él eventualmente llega en su nave y acaba con las tropas invasoras. |
| 29 | Mensaje en una Botella | 7 de agosto, 1998 (Showtime) | 207 |
| El SG-1 trae consigo una misteriosa esfera, la cual pronto comienza a emitir una alta radiación. Cuando intentan enviarla de regreso por el Portal, de la esfera salen varias barras metálicas que se incrustan en las paredes. Una logra incluso atravesar a O’Neill. Después de intentar removerla, se descubre que la esfera contiene al último de una raza alienígena, quién es convencido de irse a un mundo mejor que la Tierra. |
| 30 | Familia | 14 de agosto, 1998 (Showtime) | 208 |
| Bra’tac trae noticias de que Apophis ha secuestrado al hijo de Teal’c, Rya’c. De regreso en Chulak, Teal’c descubre que a su hijo le lavaron el cerebro y que ahora es leal a Apophis. Depende del equipo traer al muchacho de vuelta a la normalidad. |
| 31 | Secretos | 21 de agosto, 1998 (Showtime) | 209 |
| Después de un año de haber prometido al padre de Sha’re, Kasuf, que la traería de regreso, Daniel, acompañado por Teal’c, vuelve a Abydos. Sin embargo, al llegar, descubre que su esposa fue dejada allí por Apophis, y que ella esta embarazada. En la Tierra, en tanto, el Programa Stargate es puesto bajo riesgo por un reportero. |
| 32 | Mutación
Pesadilla | 25 de septiembre, 1998 (Showtime) | 210 |
| Teal’c es picado por un extraño insecto mientras exploraba BP6-3Q1. Al volver al SGC, el veneno del insecto comienza a alterar su ADN. Confundido, él escapa y se esconde en un viejo edificio de la ciudad, donde se encuentra con una pequeña niña, con quién entabla amistad. Eventualmente, es hallado y curado. |
| 33 | Los Tok'ra (Parte 1)
La Tok'ra (Parte 1) | 2 de octubre, 1998 (Showtime) | 211 |
| Carter descubre que aun posee los recuerdos del Tok’ra Jolinar. Ella halla la dirección de la posible base Tok’ra, y el equipo es enviado a contactar con ellos, y quizás formar una alianza. En tanto, el Gral. Hammond se entera que el padre de Carter, Jacob, esta muriendo de cáncer. |
| 34 | Los Tok'ra (Parte 2)
La Tok'ra (Parte 2) | 9 de octubre, 1998 (Showtime) | 212 |
| Después de que los Tok’ra rechazaran la oferta de alianza con los Tau’ri, debido a que la Tierra no tiene nada para ofrecerles, ellos no permiten dejar ir al SG-1, ya que estos poseen la ubicación de su base. En ese momento, el anfitrión de un Tok’ra llamado Selmak esta muriendo, por lo que el equipo ve allí una oportunidad para forjar una alianza y salvar la vida de Jacob Carter. |
| 35 | Espíritus | 23 de octubre, 1998 (Showtime) | 213 |
| El SG-1 descubre una civilización, descendiente de nativos americanos. Cuando el SGC comienza a realizar trabajos en una mina de Trinium de aquel mundo, los “Espíritus” de esta cultura indígena se ven perturbados e invaden la base. Pronto, el equipo descubre la identidad real de estos seres. |
| 36 | La piedra de toque | 30 de octubre, 1998 (Showtime) | 214 |
| Un planeta llamado Madrona, acusa al SG-1 de robar la “Piedra de Toque”; ellos dicen que hombres, con uniformes del SGC lo hicieron. El equipo sospecha que quizás los ladrones estén utilizando el segundo Portal, encontrado en la Antártica. |
| 37 | La Quinta Raza | 16 de diciembre, 1998 (Sky One) | 215 |
| Explorando, el Coronel O’Neill descarga, accidentalmente, todo el conocimiento de la raza alienígena que construyo los Portales, dentro de su cerebro. Sino consiguen un modo de sacarla, él pronto morirá. |
| 38 | Cuestión de Tiempo | 9 de diciembre, 1998 (Sky One) | 216 |
| Sin saberlo, el SG-10 llega a un planeta que esta cerca de un agujero negro recién formado. Cuando el SGC marca al planeta para que saber que les ocurrió, descubre que ya están atrapados por los efectos del agujero. Más aun, los efectos de dilatación temporal han alcanzado la base, y no pueden cerrar el Portal. Si todo sigue su curso, el complejo, y mas adelante, la misma Tierra, serán destruidos. |
| 39 | El Canto de la Serpiente | 6 de enero, 1999 (Sky One) | 217 |
| Apophis es hallado mortalmente herido, y traído al SGC. Sokar, el Goa’uld que lo derroto, ataca el Portal de la base para obligar a entregarlo. El tiempo se acaba y con Apophis apunto de morir, el equipo debe tomar una decisión. |
| 40 | Vacaciones | 13 de enero, 1999 (Sky One) | 218 |
| El SG-1 se encuentra con un viejo hombre, llamado Marchello, quién ha sido perseguido por los Goa’uld durante años, y que además ha desarrollado tecnologías para usarlas en su contra. Sin embargo, usando uno de estos inventos, Marchello cambia de cuerpo con Daniel, y luego lo utiliza para pasar el día en la Tierra. |
| 41 | Un paso en falso | 20 de enero, 1999 (Sky One) | 219 |
| Un avión no tripulado esta explorando otro mundo, cuando repentinamente se estrella, y es al parecer arrastrado lejos por los extraños habitantes del Planeta. Después que el SG-1 hace contacto, estos seres empiezan a caer enfermos. El equipo se da cuenta que quizás hallan condenado a una población entera a su fin, por lo que es su deber arreglar las cosas. |
| 42 | Cuenta la historia
Amenaza Invisible | 3 de febrero, 1999 (Sky One) | 220 |
| Un pequeño niño logra entrar por el Portal al SGC, gracias a la ayuda de un ser alienígena invisible. Él viene a advertirles de una amenaza que pone en peligro a todas las poblaciones humanas de la galaxia. |
| 43 | 1969 | 27 de enero, 1999 (Sky One) | 221 |
| Accidentalmente, una llamarada solar envía al SG-1 casi 40 años atrás en el tiempo. Con ayuda de un joven George Hammond, el equipo escapa de la base y parte en la búsqueda del Stargate, para activarlo cuando otra llamarada solar ocurra y así poder volver a su época. |
| 44 | Confusión (Parte 1)
Desde el fondo de la mente (Parte 1) | 10 de febrero, 1999 (Sky One) | 222 |
| O'Neill, Carter y Daniel despiertan en una cámara de estasis en el SGC, 80 años en el futuro. No obstante, el equipo sospecha que algo no esta bien y pronto descubre la verdad: Han sido secuestrados por Hathor. En tanto, Teal'c despierta en la base, y al saber de la desaparición del resto del SG-1, decide dejar el SGC para hallarlos. |
